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转录组测序RNA-seq

 
       转录组测序是基于HiSeq平台对任何有参考基因的物种的所有mRNA进行测序,通过测序分析可以发现不同样本表达差异,发现新的剪切体。我们提供从测序到分析一站式服务,分析结果可通过CLRNASeqTM 软件展示。通过软件您可以进行任何您感兴趣的样本间的表达差异分析、聚类以及新陈代谢途径的差异表达分析。同时,您还可以从我们的EzRNASeq数据库下载您感兴趣的物种序列进行比较分析。
工作流程
 

样本提取                文库构建                  上机测序                         生信分析生成报告

 

技术参数
 

样本要求



案例分析:
A Vanillin Derivative Causes Mitochondrial Dysfunction and Triggers Oxidative Stress in Cryptococcus neoformans
一种香草精衍生物引起新型隐球菌线粒体功能紊乱并触发氧化应激反应

摘要:

       香草精是一种常见的食品和化妆品添加剂,被认为对真菌具有抑菌活性。笔者通过研究香草精及其33种衍生物对人类致病菌新型隐球菌的抑菌性能,发现抑菌活性与香草精衍生物的结构相关。羟基和烷氧基修饰的衍生物对新型隐球菌有良好的杀菌效果,其中o-vanillin抗菌效果最佳。我们通过对新型隐球菌o-vanillin处理组和未处理组进行RNA水平测序,GO富集分析发现o-vanillin会引起线粒体功能紊乱。而o-vanillin和抗菌机制也被实验证明,是通过显著降低线粒体功能和氧化应激反应相关基因的表达来实现。

 

 

o-Vanillin causes differential expression of the genes involved in respiration.
参考文献:Jin Hyo Kim et al .A Vanillin Derivative Causes Mitochondrial Dysfunction and Triggers Oxidative Stress in Cryptococcus neoformans PLoS One. 2014 Feb 20;9(2):#e89122. doi: 10.1371/journal.pone.0089122. eCollection 2014.

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